Ptačí oblast (9 575,6 ha) patří k ornitologicky nejvýznamnějším oblastem v České republice. Dosud zde bylo zjištěno okolo 240 druhů ptáků. Oblast je významná jako hnízdiště, tahová zastávka i zimoviště.
Předmětem ochrany je zde 9 druhů – čáp bílý (Ciconia ciconia), včelojed lesní (Pernis apivorus), luňák hnědý (Milvus migrans), luňák červený (Milvus milvus), raroh velký (Falco cherrug), ledňáček říční (Alcedo atthis), žluna šedá (Picus canus), strakapoud prostřední (Dendrocopos medius) a lejsek bělokrký (Ficedula albicollis).
Zejména Soutok je velice atraktivní pro dravce, kterých tu pravidelně hnízdí 10 11 druhů a u dalších dalšího jednoho druhu dvou jsou zaznamenávány pokusy o zahnízdění. Nachází se tu jediné hnízdiště orla královského(Aquila heliaca) a největší populace luňáka hnědého (Milvus migrans), luňáka červeného (Milvus milvus), raroha velkého (Falco cherrug) a zřejmě i včelojeda lesního (Pernis apivorus) v České republice. Unikátní je podzimní tahové shromaždiště a společné nocoviště luňáků červených (nejvíce v říjnu 2000 – 132 ex.); tento druh zde i pravidelně zimuje v počtu až 57 jedinců (leden 2005). Významné je také pravidelné zimování orla mořského (Haliaeetus albicilla) a společné zimní nocoviště motáka pilicha (Circus cyaneus) v neposečených porostech na Košárských loukách, v některých letech obývané společně s kalousem pustovkou (Asio flammeus).
Charakteristickým druhem celé oblasti je čáp bílý (Ciconia ciconia), hnízdící jednak ve společných lesních koloniích s volavkou popelavou (Ardea cinerea), jednak ve volných koloniích na solitérních dubech i jednotlivě na různých místech. Na starých a dominantních stromech ve starých stejnověkých porostech nebo ve věkově rozrůzněných porostech i na výstavcích uvnitř mladších porostů staví hnízda čáp černý (Ciconia nigra), jehož lovišti jsou veškeré vodní plochy i toky v oblasti.
Staré porosty lužních lesů představují významná refugia dutinových hnízdičů, z nichž tři druhy, žluna šedá (Picus canus), strakapoud prostřední (Dendrocopos medius) a lejsek bělokrký (Ficedula albicollis), patří mezi druhy, které jsou předmětem ochrany ptačí oblasti. Další významnou skupinou hnízdičů jsou ptáci vlhkých nivních luk: chřástal polní (Crex crex) – až 30 35 volajících samců, z nichž většina se koncentruje do severní části Košárských luk, jednotlivé páry bekasiny otavní (Gallinago gallinago), vodouše rudonohého (Tringa totanus) nebo konipasa lučního (Motacilla flava). Velice významný je mokřad Spodní Pláka v jižní části Košárských luk, kde za vhodných podmínek hnízdí chřástal kropenatý (Porzana porzana), chřástal malý (Porzana parva) a chřástal vodní (Rallus aquaticus). V letech 2000 a 2001 tu byly zaznamenány hnízdní výskyty chřástala nejmenšího (Porzana pusilla), jehož hnízdění v ČR nebylo dosud jednoznačně prokázáno. V oblasti nepravidelně hnízdí až 10 párů husy velké (Anser anser), včetně párů obsazujících stromová hnízda, čírka modrá (Anas querquedula) a pravděpodobně i lžičák pestrý (Anas clypeata); lze předpokládat i nepravidelné hnízdění čírky obecné (Anas crecca). Pravděpodobně hnízdí vodouš kropenatý (Tringa ochropus).
V březích řek a jiných vodotečí, zemníků, štěrkoven či písníků hnízdí ledňáček říční (Alcedo atthis), místy hnízdí pisík obecný (Actitis hypoleucos), kulík říční (Charadrius dubius) a břehule říční (Riparia riparia).
Z ostatních hnízdících druhů ptáků, nezahrnutých do výše uvedených skupin, je třeba jmenovat krutihlava obecného (Jynx torquilla) – okolo 60 párů, ťuhýka obecného (Lanius collurio) – 200-300 párů, ťuhýka šedého (Lanius excubitor) – 5-10 párů, bramborníčka černohlavého (Saxicola torquata), strnada lučního (Miliaria calandra) – až 20 30 zpívajících samců.
V tahovém období představují nejvýznamnější fenomén nivní louky během jarních záplav, kde se shromažďují velká hejna především brodivých (Ciconiiformes), vrubozobých (Anseriformes) a bahňáků (Charadriiformes), popř. některých druhů pěvců (Passeriformes). V zimním období má největší význam zimování vodního ptactva na řekách Dyji a Moravě. Pokud nedojde k zámrzu, shromažďuje se tu až několik tisíc jedinců především kachen, včetně druhů velmi vzácných. V některých letech bývají obsazována společná zimní nocoviště severských druhů hus (husa běločelá Anser albifrons, husa polní Anser fabalis), rovněž v řádu až tisíců ptáků.
Území patří k ornitologicky nejvýznamnějším oblastem v rámci celé ČR. Dosud zde bylo zjištěno okolo 240 druhů ptáků. Oblast je významná jako hnízdiště, tahová zastávka i zimoviště. Mimořádný je význam území pro hnízdění dravců (Falconiformes) – v současnosti zde pravidelně hnízdí 10 druhů a u dalších dvou jsou zaznamenány pokusy o zahnízdění. Do roku 2008 tato oblast představovala jediné hnízdiště orla královského (Aquila heliaca) na území ČR (v letech 1998–2009 zde každoročně hnízdily 1–3 páry); u dalších druhů dravců jde o území s největší početností a koncentrací hnízdících párů v rámci republiky např. luňák hnědý (Milvus migrans) a luňák červený (Milvus milvus) – u obou druhů přes 10 párů, raroh velký (Falco cherrug) – 4–5 párů). V území dále hnízdí čáp bílý (Ciconia ciconia) – 30–60 párů, a čáp černý (Ciconia nigra) – 3–6 párů. Ve třech koloniích hnízdí společně s čápy bílými i volavka popelavá (Ardea cinerea, 200–300 párů). Staré porosty lužních lesů představují významná refugia druhů vázaných na tento typ biotopu včetně dutinových hnízdičů, jako např. holub doupňák (Columba oenas) – min. 20 párů, strakapoud prostřední (Dendrocopos medius) – asi 400 párů, datel černý (Dryocopus martius) – 30–35 párů, žluna šedá (Picus canus) – min. 30 párů, šoupálek krátkoprstý (Certhia brachydactyla), lejsek bělokrký (Ficedula albicollis) – odhad 1000–2000 párů). Další významnou skupinou hnízdičů jsou ptáci vlhkých nivních luk, např. chřástal polní (Crex crex), bekasina otavní (Gallinago gallinago) nebo vodouš rudonohý (Tringa totanus), a ptáci vodní a mokřadní, jako např. kachny, chřástalovití, nepravidelně husa velká (Anser anser). Na neregulovaném úseku řeky Dyje hnízdí ledňáček říční (Alcedo atthis), pisík obecný (Actitis hypoleucos), kulík říční (Charadrius dubius) a břehule říční (Riparia riparia). Z ostatních hnízdících druhů ptáků, nezahrnutých do výše uvedených skupin, je třeba jmenovat populace krutihlava obecného (Jynx torquilla), ťuhýka obecného (Lanius collurio), ťuhýka šedého (Lanius excubitor), bramborníčka černohlavého (Saxicola torquata) nebo strnada lučního (Miliaria callandra). Ještě donedávna zde pravidelně hnízdil dudek chocholatý (Upupa epops). Během jarních záplav představují nejvýznamnější fenomén nivní louky, kde se v tahovém období shromažďují velká hejna především brodivých (Ciconiiformes), vrubozobých (Anseriformes) a bahňáků (Charadriiformes), popř. některých druhů pěvců (Passeriformes). Pokud jde o dravce, významné je unikátní podzimní tahové shromaždiště a společné nocoviště luňáků červených (pravidelně sledované od r. 1994, dosavadní maximum v říjnu 2000 – 132 ex.); tento druh zde i pravidelně zimuje v počtu až 119 ex. (prosinec 2007). V zimním období má největší význam zimování vodního ptactva na řekách Dyji a Moravě, kdy se zde – pokud nedojde k zámrzu – shromažďuje až několik tisíc jedinců především kachen, včetně druhů velmi vzácných. V některých letech bývají obsazována společná zimní nocoviště severských druhů hus jako je husa běločelá (Anser albifrons) a husa polní (Anser fabalis), rovněž v řádu až tisíců ptáků. Významné je i pravidelné zimování orla mořského (Haliaeetus albicilla) v počtu až 39 ex. (leden 2008) a společné zimní nocoviště motáka pilicha (Circus cyaneus) v počtu až 24 ex. (zima 2002/2003), v některých letech obývané společně s kalousem pustovkou (Asio flammeus)
Významné hnízdící druhy (počty párů, údaje či odhady pro období 2005>2009, tučně jsou označeny druhy, které jsou předmětem ochrany PO):