Orel mořský náleží společně s dalšími 34 taxony mezi kriticky ohrožené ptačí druhy v ČR
Ledňáček říční – představitel silně ohrožených druhů
Krkavec velký – představitel ohrožených druhů
Mezi zvláště chráněné druhy ptáků v Česku řadíme dle vyhlášky 395/1992 Sb. celkem 120 ptačích druhů a 2 poddruhy rozdělených v závislosti na stupni ohrožení do tří kategorií:
Od roku 2004 (vstup do EU) jsou v ČR obecně chráněny všechny druhy volně žijících ptáků (novela 218/2004), tedy i ty, které nejsou v tomto seznamu. Výjimky jsou jen pro myslivost a odchylný postup dle § 5b.