Se vstupem ČR do Evropské unie vznikla našemu státu povinnost vytvořit soustavu zvláště chráněných území neboli ptačích oblastí (Special Protection Areas = SPA), určených pro ochranu druhů, uvedených v příloze I Směrnice o ochraně volně žijících ptáků 79/409/EHS. V této směrnici jsou uvedeny druhy, které jsou ohrožené vyhynutím nebo citlivé vůči specifickým změnám na stanovišti, případně druhy s málo početnými populacemi, prostorově omezeným místním rozšířením nebo vyžadující zvláštní pozornost z důvodu specifického charakteru jejich stanoviště.

Návrhy ptačích oblastí připravila na základě daných ornitologických kritérií Česká společnost ornitologická ve spolupráci s Agenturou ochrany přírody a krajiny. Ptačí oblasti mají svou rozlohou a počtem zajistit stabilitu populací druhů, pro které jsou vyhlašovány. Chráněna jsou takto hnízdiště, zimoviště nebo shromaždiště, přičemž se zvýšená pozornost věnuje hlavně mokřadům. V zásadě se upřednostňují přirozená nebo polopřirozená stanoviště, která jsou ornitologickým významem nebo typem stanoviště odlišitelná od okolí.

Bylo navrženo 41 lokalit, které již všechny byly nařízením vlády vyhlášeny ptačími oblastmi. Většina navržených ptačích oblastí (38) byla v navrženém rozsahu vyhlášena v průběhu let 2004 a 2005. Návrh na vyhlášení další PO Heřmanský stav-Odra-Poolší byl zamítnut a PO byla ve zmenšeném rozsahu vyhlášena až k 1.6.2008. Zbývající dvě oblasti Českobudějovické rybníky a Dehtář se, z důvodu konfliktu s rybničním hospodařením, dočkaly vyhlášení až v říjnu 2009.

Faktory, které negativně ovlivňují druhy ptáků v ptačích oblastech, jsou zejména nevhodné způsoby zemědělství, obhospodařování lesů, hospodaření na rybnících a trvalých travních porostech, či myslivecké aktivity, které nejsou v souladu s ochranou uvedených druhů a také neusměrněné rekreační aktivity.

Pro ochranu uvedených ptačích druhů jsou v ptačích oblastech přijímána opatření, která mají zabránit lovu, nelegálnímu odchytu, vybírání hnízd, ničení současných i potenciálních hnízdišť, zimovišť a shromaždišť i úrazům na vedeních vysokého napětí.

V každé ptačí oblasti probíhá pravidelně monitoring druhů, pro které byla ptačí oblast vyhlášena. Pro každý tento druh byly připraveny metodiky monitoringu, pomocí nichž se zjišťují trendy vývoje populací sledovaných druhů. Pro sledování uvedených druhů se používají takové standardizované metody, jimiž nedochází k rušení ani k jinému zásahu do přirozeného vývoje ptáků. Stejně jako pro druhy, byly i pro každou ptačí oblast připraveny plány monitoringu, shrnující poznatky o vývoji populací předmětů ochrany dané ptačí oblasti, o ochranných podmínkách, které je třeba na jejím území dodržovat a o negativních faktorech, které v oblasti mohou na ptačí populace působit.